The present invention relates to a feed disinfecting method using an eco-friendly disinfectant and, more specifically, to a feed disinfecting method using an eco-friendly disinfectant: which removes fungi contained in animal feed, fungal toxins which are a secondary product generated from the fungi, and various harmful bacteria for providing the feed cleanly and stably; and enables users to provide the feed which can prevent the group death by secondary diseases caused from excrements. [Reference numerals] (AA) Ingredient name; (BB) Unit; (CC) Control group; (DD) Example 1; (EE) Example 2; (FF) Example 3; (GG) Example 4; (HH) General component moisture; (II) Total number of microorganism bacteria본 발명은 친환경 소독제를 이용한 사료의 소독방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 동물이 섭취하는 사료에 포함된 곰팡이 및 곰팡이로 인하여 발생된 2차 생성물인 곰팡이 독소 및 각종 유해 세균을 제거하여 안정적이고 깨끗한 사료를 공급하며, 분뇨에 의한 2차 질환으로 인한 집단폐사를 막을 수 있는 사료를 공급할 수 있는 친환경 소독제를 이용한 사료의 소독방법에 관한 것이다.