本发明公开了一种含CpG寡聚脱氧核苷酸复合佐剂的制备及其用途。本发明提供了序列为SEQ ID No.1的CpG寡聚脱氧核苷酸,且所有核苷酸均为硫代修饰。本发明的CpG寡聚脱氧核苷酸具有增强B细胞增殖和ThΙ型免疫反应的能力;硫代修饰延长了其在体内的滞留时间,降低了各种水解酶对其的水解作用;制备方法简单,质量易于控制,易于规模化生产;安全性好,毒副作用低。本发明提供了含CpG寡聚脱氧核苷酸复合佐剂的制备方法,CpG寡聚脱氧核苷酸与油乳剂ISA 206按一定比例混合、乳化而成,工艺简单,性能稳定。本发明提供的含CpG寡聚脱氧核苷酸复合佐剂,可促进抗体的提前产生并具有强烈的免疫增强作用。