The control unit 21, by exciting the electromagnet which belong to the beam transport line 4 and the electromagnet groups belonging to the synchrotron 9 is repeated necessary times so as one operating cycle of the charged particle beam "incident → acceleration → exit → deceleration" the normal operation after completion of performing, automatically perform an initialization operation for initializing the electromagnets belonging to the beam transport line 4 and the electromagnets belonging to the group synchrotron 9. By reducing the latency of the normal operation before a result, increase the operating rate of the device, in the particle beam therapy system, to reduce the time treatment is to complete the patient from entering the treatment room, the patient It is possible to reduce the burden. In a system having a beam transport system for splitting the illumination multiple devices, and to each time constant of the hysteresis effect due to normal operation of the above, to perform beam radiation always stable.制御部21は、シンクロトロン9に属する電磁石群及びビーム輸送系4に属する電磁石群を励磁し、荷電粒子ビームの「入射→加速→出射→減速」を1運転サイクルとしてこれを必要回数繰り返すことにより行う通常運転完了後に、シンクロトロン9に属する電磁石群及びビーム輸送系4に属する電磁石群を初期化する初期化運転を自動的に行う。これにより通常運転開始前の待ち時間を短縮することで、装置の稼働率を高め、粒子線治療システムにおいては、患者が治療室に入ってから治療が完了するまでの時間を短縮し、患者の負担を軽減することができる。複数の照射装置に分岐するビーム輸送系を有するシステムでは、先の通常運転によるヒステリシスの影響を毎回一定にし、常に安定したビーム照射を行える。