An automated high throughput apparatus, method and system for seed sampling is provided. The seed sampling system includes an ablation subsystem having a controlled cutting path and a seed handling subsystem comprising a staging system having a plurality of seed staging positions for staging a batch of seed in a sequential manner, and a carrier system for simultaneously presenting seed staging positions at the cutting path for removing a sample portion from each seed in the batch. A method of this invention includes providing ablation means having a controlled cutting path, automatically staging a batch of seed at a plurality of staging positions in a sequential manner, simultaneously presenting the batch of seed at the cutting path, and removing a sample portion from each seed in the batch.Linvention porte sur un appareil, sur un procédé et sur un système à haut débit automatique pour un échantillonnage de graines. Le système déchantillonnage de graines comprend un sous-système dablation ayant un trajet de coupe régulé et un sous-système de manipulation de graines comprenant un système à étages ayant une pluralité de positions détage de graines pour disposer par étages un lot de graines dune façon séquentielle, et un système de support pour présenter simultanément des positions détage de graines au trajet de coupe pour le retrait dune partie déchantillon à partir de chaque graine dans le lot. Un procédé selon cette invention comprend la disposition de moyens dablation ayant un trajet de coupe régulé, la mise en étages automatique dun lot de graines en une pluralité de positions détage dune façon séquentielle, la présentation simultanée du lot de graines au trajet de coupe, et le retrait dune partie déchantillon à partir de chaque graine dans le lot.