Methods and systems for isolating gastrointestinal microflora from stool collected from a donor are provided. Stool is collected from a donor in a container as the donor is defecating. A solvent is introduced into the container and the container sealed to place its contents in a sealed environment. Various agents can be added to achieve dissolving, colorizing, deodorizing, or for further therapies. The solvent and collected stool is homogenized into a mixture which is then filtered by a multi-stage filter system to create a solution containing microflora in the desired consistency. This solution can be dispensed via an enema tube or other delivery apparatus for infusion into a patients gastrointestinal tract.Linvention concerne des systèmes et des procédés pour isoler la microflore gastro-intestinale des excréments collectés dun donneur. Les excréments sont collectés à partir dun donneur dans un récipient à mesure que le donneur défèque. Un solvant est introduit dans le récipient et le récipient est scellé de manière étanche pour placer son contenu dans un environnement scellé de manière étanche. Divers agents peuvent être ajoutés pour atteindre la dissolution, la colorisation, la désodorisation ou pour des thérapies ultérieures. Le solvant et les excréments collectés sont homogénéisés en un mélange qui est ensuite filtré par un système de filtre à plusieurs étages pour créer une solution contenant une microflore de la consistance souhaitée. Cette solution peut être distribuée par lintermédiaire dun tuyau à lavement ou dun autre appareil de distribution pour la perfusion dans le tractus gastro-intestinal dun patient.