A diagnostic assay for detection of rejection of a donor organ by a recipient comprising the steps of collecting a blood sample from the recipient, separating a cell- free DNA fraction from the blood sample, separating a fraction of fragmented cf DNA from the cell-free DNA fraction, generating a library of the fragmented cfDNA with selected primers. The library is quantified and sequenced. The resulting sequences are mapped to a reference. The mapped sequences are assessed to detect an increase or a decrease in the relative amount of one cfDNA population in a mixture.Linvention concerne un test diagnostique pour détecter le rejet dun organe dun donneur par un receveur, comprenant les étapes consistant à prélever un échantillon de sang du receveur, à séparer une fraction dADN exempte de cellules de léchantillon de sang, à séparer une fraction de cfADN fragmenté de la fraction dADN exempte de cellules, à générer une bibliothèque des cfADN fragmentés à laide damorces sélectionnées. La bibliothèque est quantifiée et séquencée. Les séquences résultantes sont mises en correspondance avec une référence. Les séquences mises en correspondance sont évaluées pour détecter une augmentation ou une diminution de la quantité relative dune population de cfADN dans un mélange.