本发明公开了一种与玉米抗丝黑穗病基因连锁的SNP位点、基于该位点的分子标记LSdCAP3及其应用,属于基因工程技术领域。本发明的一种与玉米抗丝黑穗病基因连锁的SNP-3位点,位于如SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列中,基于该SNP位点本发明建立了与玉米抗丝黑穗病主效抗病位点显著相关的分子标记,具有序列表中SEQ ID NO.1中136个核苷酸序列。它是由主效抗病位点玉米基因组bin2.09区域的SNP ID序列转化得到的,该SNP-3ID序列具有序列表中SEQ ID NO.4中的101个核苷酸序列。本发明可用于玉米抗丝黑穗病分子标记辅助育种,加速玉米抗病品种选育进程。