本发明提供一种大豆抗花叶病毒基因GmNN1及其感病的等位基因,其核苷酸序列分别如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。本发明分析了GmNN1在不同大豆抗、感品种间的表达差异,阐明了GmNN1参与大豆抗SMV反应,研究了不同大豆抗、感SMV品种间的GmNN1基因序列差异,并依据序列差异开发了功能标记GmNN1‑AC/GmNN1‑GT,同时利用SMV抗感RIL群体验证了标记与大豆抗病性的关联,该标记能够区分不同抗感SMV大豆品种。研究结果可为大豆抗SMV育种提供功能基因与选择标记。本发明还提供了大豆抗花叶病毒基因GmNN1的功能标记鉴定方法及其在育种选择中的应用。