Disclosed are a method and system for managing medicine inventory. According to one embodiment of the present invention, the method comprises the steps of: counting the remaining quantity of medicine in an auxiliary storage allocated to a dispensing device when dispensing of medicine is completed by the dispensing device; delivering a quantity, which is a quantity deducting the remaining quantity from first total stock on the auxiliary storage recorded in a memory unit as the first actual dispensing amount; updating the first inventory amount as the remaining quantity as the delivery is processed; and transmitting delivery information for the medicine to at least one of an EMR system, a PMS system, and a drug integrated management system to report a delivery status of the medicine.COPYRIGHT KIPO 2020의약품 재고 관리 방법 및 의약품 재고 관리 시스템이 개시된다. 본 발명의 일실시예에 따른 의약품 재고 관리 방법은, 조제 기기에 의해 의약품의 조제가 완료되면, 상기 조제 기기에 할당된 보조저장소 내 상기 의약품의 잔여 수량을 카운트 하는 단계와, 메모리부에 기록되어 있는 상기 보조저장소 상의 제1 재고량에서, 상기 잔여 수량을 차감한 수량을, 제1 실제 조제량으로서 출고 처리 하는 단계와, 상기 출고 처리에 따라, 상기 제1 재고량을 상기 잔여 수량으로 갱신하는 단계, 및 상기 의약품에 대한 출고 정보를, EMR, PMS 및 마약류 통합 관리 시스템 중 적어도 하나의 시스템으로 전송하여, 상기 의약품의 출고 현황을 보고하는 단계를 포함한다.