本发明是一种稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记,该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1。本发明还公开了一种PCR扩增稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记的扩增引物;以及稻瘟病抗性基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记在Pi-ta抗性位点的基因分型或者Pi-ta基因的辅助选择育种中的用途,本发明还公开了稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记的功能标记方法。本发明具有操作简便、节约成本的优点,尤其适合于育种中的大规模Pi-ta抗性基因鉴定及标记辅助选择育种,适于推广应用。