本发明公开了一种猪伪狂犬病病毒亚单位疫苗的制备方法及其应用,其包含:采用SEQID NO:1或SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:9的核酸分子或者与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:9的核苷酸序列95%以上相同的核酸分子编码的猪伪狂犬病毒相关蛋白。该疫苗使用真核表达,产品的抗原性、免疫原性与天然蛋白质相似,表达水平较高,免疫原性强,保护效果好,对动物没有致病性,并且本发明的疫苗可以通过生物反应器大规模无血清悬浮培养制备,同时大大降低了疫苗生产成本。