本发明公开了一种可识别HCV E1E2蛋白的核酸适体,其为SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:5中任一序列所示的DNA片段,其衍生物为包括核苷酸取代后的RNA核酸适体、骨架改造后的衍生物、改造为肽核酸后的衍生物以及连接上放射性分子后的衍生物。该核酸适体的筛选方法包括:先制备带组氨酸标签的丙型肝炎病毒E1E2蛋白,再制备带组氨酸标签的pET200/D/LacZ蛋白;然后对蛋白进行固定,并设计随机核酸文库;最后进行核酸适体的筛选,筛选过程具体又包括DNA文库预处理、反筛、正筛及反复筛选等步骤,最后获得竞争能力强、序列长度得到优化的核酸适体。本发明的核酸适体及其衍生物可用于制备丙型肝炎病毒E1E2蛋白的检测试剂盒或诊断试剂,还可用于制备抑制丙型肝炎病毒感染肝细胞的试剂。