本发明属于基因序列及其获取方法领域，具体涉及导致西瓜两性花发育的基因a序列及其获得方法。导致西瓜两性花发育的基因a，具有序列表中的SEQ ID NO:1～6的核苷酸碱基序列，该获取方法包括以下步骤：A、供试材料选取，B、基因组DNA的提取，C、长距离PCR扩增反应与产物的检测，D、特异性扩增序列的获得，E、候选SNP的获得，F、对所述的候选SNP位点进行验证，最终获得所述的导致西瓜两性花发育的基因a序列。本发明通过F2代分离群体dCAPs分子标记检测及表型鉴定、各核心种质资源dCAPs分子标记检测及表型鉴定确认该SNP位点为共分离标记；获得的SNP位点，能够开发基因标记用于辅助育种，达到获得西瓜雌性系品种的目的。
