本发明公开了甲硫氨酸裂解酶及其编码基因和生物合成方法。本发明从黑孢块菌中分离获得SEQ ID No.1所示的编码甲硫氨酸裂解酶的基因。本发明进一步提供了一种高效生物合成甲硫氨酸裂解酶的方法,包括:(1)将SEQ ID No.1所示甲硫氨酸降解酶的编码基因克隆至酵母表达载体中,构建得到重组酵母表达载体;(2)将重组酵母表达载体转化到酿酒酵母中得到表达菌;(3)诱导表达菌表达甲硫氨酸裂解酶,收集诱导表达后的菌体,纯化所表达的重组甲硫氨酸裂解酶。本发明制备的重组甲硫氨酸裂解酶纯度达到90%以上,其降解甲硫氨酸的效率可达0.53±0.0030μM MTL·h-1·mg protein-1。