本发明公开了一种草鱼细菌小肽识别受体及其制备方法与应用,该草鱼细菌小肽识别受体为草鱼NOD2‑LRR蛋白,氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,编码基因的cDNA序列如SEQ ID NO.2所示。该草鱼细菌小肽识别受体的制备包括克隆草鱼NOD2基因、表达、纯化、复性。本发明中,首次利用分子对接方法建立了草鱼NOD2对细菌MDP的免疫识别模型,利用原核表达系统成功获得了NOD2‑LRR蛋白,结果表明NOD2‑LRR蛋白具有对细菌MDP的结合活性,可特异性识别细菌MDP,在细菌MDP免疫识别中发挥中重要的作用,在开发新型抗菌药物、免疫增强剂和饲料添加剂等方面具有潜在应用价值。