本发明公开了一种益生菌组合,包括金丽假交替单胞菌(Pseudoalteromonas flavipulchra)CDM8菌株,保藏编号为:CCTCC M 2017712、短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)YH012菌株,保藏编号为:CCTCC M 2017713,海水芽孢杆菌(Bacillus aquimaris)BC109菌株,保藏编号为:CCTCC M 2017711;本发明同时提供一种益生菌组合在凡纳滨对虾苗种培育中的应用,步骤为幼体变态后的第一天添加金丽假交替单胞菌CDM8发酵液;第二天和第三天添加短小芽孢杆菌YH012和海水芽孢杆菌BC109的发酵菌液;此菌株组合使用可增加凡纳滨对虾苗种培育池水体有益微生物数量,减少水体中弧菌的数量,改善水体微生物结构,增强凡纳滨对虾幼体的免疫水平,特别是提高凡纳滨对虾苗种出苗率。