本发明涉及一种利用SSR技术筛选棉花产量性状或纤维品质的分子标记的方法,包括步骤:a)利用棉花中G97038株系,与中棉所16株系(中16)进行杂交,F1代自交产生F2代;b)用CTAB法提取F2(中G97038×中16)分离群体的叶片总DNA;c)利用BSA法建立目标性状极值库;d)通过SSR引物对亲本进行筛选,亲本间表现有差异的引物再用所建立的极值DNA池筛选,对极值DNA池所获得的有差异的引物,对所有F2单株进行扩增检测,得到多态性标记;e)进行SSR扩增和检测;f)数据统计分析。本发明公开了棉花纤维品质的分子标记,所述分子标记具有SEQ ID No.1~SEQ ID No.4的核苷酸序列。另外,本发明也公开了所述棉花产量性状或纤维品质的分子标记在育种中的应用。