The present invention relates to induced pluripotent stem cells having immunotolerance that HLA DR is deleted, a method of manufacturing the same, and uses thereof, and induced pluripotent stem cells according to the present invention not only have immune tolerance but also maintain pluripotency Therefore, it is very advantageous for commercialization of stem cell therapeutics because it can be supplied in a timely manner to anyone in need of cell therapy and has an indestructible property once made.본 발명은 HLA DR이 결실된 면역관용을 가지는 유도만능줄기세포, 이의 제조방법, 이의 용도 등에 관한 것으로, 본 발명에 따른 유도만능줄기세포는 면역관용을 가지고 있을 뿐만 아니라, 다능성을 유지하고 있기 때문에, 세포 치료가 필요한 모든 사람에게 적시에 공급할 수 있고 한 번 만들어 놓으면 불멸하는 특성이 있기 때문에 줄기세포 치료제의 상용화에 매우 유리하다.