本发明提供了一种烯醇脱氢酶及其编码基因,含有该编码基因的载体、工程菌及其应用。所述烯醇脱氢酶的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,其编码基因如SEQ ID No.2所示。本发明提供了一种来源于约克氏菌WZY002(Yokenella sp.WZY002)的烯醇脱氢酶基因核苷酸序列;该烯醇脱氢酶基因可与表达载体连接构建得到含该基因的胞内表达重组质粒,再转化至大肠杆菌菌株中,获得重组大肠杆菌;该重组大肠杆菌经细胞破碎,分离纯化获得重组烯醇脱氢酶;该重组烯醇脱氢酶具有还原烯醛、烯酮、芳香醛和芳香酮等底物生成对应的醇的能力;利用重组大肠杆菌或重组烯醇脱氢酶为生物催化剂同时催化醇的氧化和醛的还原,可以生成巴豆醛、苯甲醇、橙花醇和香叶醇。