本发明涉及四个绿色荧光蛋白(GFP)纳米抗体编码基因,及其制备方法和应用。本发明构建了GFP纳米抗体文库。利用噬菌体展示技术,从该抗体文库中筛选到了四个特异结合GFP的纳米抗体,分别命名为A12、E6、D5和B9。测序获得了这四个纳米抗体基因的核苷酸序列,如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示,其对应的氨基酸序列如SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示。将A12基因克隆到改造的表达载体pADL‑10b‑His中,并导入SS320菌株中;将E6、D5和B9基因分别克隆到改造的表达载体pBAD24‑Flag‑His中,并分别导入TOP10菌株中,从而获得了四个纳米抗体的原核表达载体和菌株。本发明表达纯化了四个纳米抗体并证明了四个GFP纳米抗体能够特异结合GFP,可应用于基础研究中对GFP的检测。