本发明涉及一种当归SCAR分子标记,其核苷酸序列如SEQ ID No:1所示;本发明还提供了一种用于检测本发明所述的当归SCAR分子标记的PCR扩增特异性引物对,所述引物对的核苷酸序列为:上游引物:5’‑ACCCATTTGTAAACATAGCC‑3’下游引物:5’‑CAGATTCTCCTTCCACCC‑3’。利用本发明所提供的分子标记,可以准确的将正品当归药材与伪品、替代品等形态特征相似的药材区分开,利用本发明所提供的引物和方法进行当归SCAR分子标记鉴定,PCR扩增的特异性好,在实际应用中,无需在当归鉴别时筛选大量的引物,具有快速,简便和低成本的优越性。