A composition including S-allyl-L-cysteine as an active ingredient and having an anti-Helicobacter pylori activity or a gastric mucosa protective effect, a composition for preventing, relieving, or treating gastrointestinal disorders, and a method of using the compositions. 본 발명은 에스-알릴-엘-시스테인(S-allyl-L-cysteine)을 유효성분으로 함유하는 항헬리코박터 활성 또는 위점막 보호기능을 갖는 조성물 또는 위장질환의 예방, 개선 또는 치료용 조성물 및 이를 사용하는 방법에 관한 것이다.