PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for purifying a multispecific polypeptide comprising a first polypeptide and a second polypeptide having a variable region of an antibody.SOLUTION: A method for purifying a multispecific polypeptide comprising a first polypeptide and a second polypeptide having a variable region of an antibody comprises modifying a nucleic acid encoding a polypeptide comprising an amino acid residue so that the charge of at least one amino acid residue which may be exposed on the surface of a CDR region of the polypeptide concerned is modifies; modifying both or either of the nucleic acid encoding the amino acid residue of the first polypeptide and the nucleic acid encoding the amino acid residue of the second polypeptide so that the difference of the isoelectric point between the first polypeptide and the second polypeptide increases as compared to that before modifying; culturing the host cell comprising the nucleic acid in which either of the nucleic acid is modified so that the nucleic acid expresses; and purifying a multispecific polypeptide from the culture by chromatography.COPYRIGHT: (C)2015,JPO&INPIT【課題】抗体の可変領域を有する第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドを含む多重特異性ポリペプチドの精製方法を提供する。【解決手段】抗体の可変領域を有する第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドを含む多重特異性ポリペプチドの精製方法であって、当該ポリペプチドのCDR領域の表面に露出し得る少なくとも1つのアミノ酸残基の電荷が改変するように、当該アミノ酸残基を含むポリペプチドをコードする核酸を改変し、当該核酸の改変が、改変前と比較して、第1のポリペプチドと第2のポリペプチドの等電点の差が増大するように第1のポリペプチドのアミノ酸残基をコードする核酸および第2のポリペプチドのアミノ酸残基をコードする核酸の両方またはいずれかを改変し、前記いずれかの核酸が改変された核酸を含む宿主細胞を、該核酸が発現するように培養し、培養物からクロマトグラフィーにより多重特異性ポリペプチドを精製する方法。【選択図】なし