本发明公开了一种使用CAPS标记检测与千粒重相关的小麦胞质型腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶小亚基基因(TaAGPS)优异等位变异的方法。本发明中两种等位变异(TaAGPS‑7A‑T和TaAGPS‑7A‑G)在TaAGPS‑7A外显子区5092位对应的碱基分别为T和G,其相应的氨基酸为丝氨酸(Ser)和丙氨酸(Ala),首先利用引物对SEQ ID No:1和SEQ ID No:2进行PCR扩增,经DdeI内切酶进行酶切后电泳检测,可以方便有效地实现TaAGPS基因不同等位变异在小麦种质资源以及育种后代中的鉴定。本发明通过常规的PCR和琼脂糖凝胶电泳的方法就可以完成,操作方便,且稳定可行。