本发明公开了一种抑菌蛋白及其编码基因、用途和菌株法。本发明以鸡溶菌酶为出发模板,通过理性设计将蝎源抗菌肽IsCT的氨基酸序列叠加到鸡溶菌酶蛋白的N端,同时定向引入抗氧化肽和氨基酸接头获得了突变体LyIc;然后根据毕赤酵母密码子偏好性,采取全基因合成技术获得突变体LyIc对应的基因lys‑Is,lys‑Is的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;再次将溶菌酶突变体基因lys‑Is连入表达载体pPICZαA,转入毕赤酵母X33,发酵培养重组菌,分离纯化溶菌酶突变体LyIc;最后对比分析溶菌酶突变体LyIc和原始溶菌酶对常见致病菌的抑菌效果。本发明的溶菌酶突变体LyIc对常见致病菌(大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄糖球菌)的抑菌效果得到有效提升,为鸡溶菌酶的广泛应用奠定基础。