Provided is a biological observation system comprising: a light source device for switching between and supplying first illuminating light including a plurality of wavelength bands and second illuminating light including a plurality of wavelength bands that differ from those of the first illuminating light; an imaging element in which light from a subject illuminated by the illuminating light is received by each of a plurality of pixels having different sensitivities and said imaging element generates an imaging signal; a color separation processing unit for separating, from an imaging signal for each color component generated by the imaging element, an imaging signal corresponding to a color component obtained when an image of light in a predetermined wavelength band is captured by pixels having the highest sensitivity to the light in the predetermined wavelength among the plurality of pixels; and a control unit that performs different color separation processing when the imaging signal input into the color separation processing unit is an imaging signal corresponding to the first illuminating light and when the imaging signal input into the color separation processing unit is an imaging signal corresponding to the second illuminating light.L'invention concerne un système d'observation biologique comprenant : un dispositif de source lumineuse pour commuter entre et fournir une première lumière d'éclairage comprenant une pluralité de bandes de longueur d'onde et une deuxième lumière d'éclairage comprenant une pluralité de bandes de longueur d'onde qui diffèrent de celles de la première lumière d'éclairage ; un élément d'imagerie dans lequel la lumière provenant d'un sujet éclairé par la lumière d'éclairage est reçue par chacun d'une pluralité de pixels présentant des sensibilités différentes et ledit élément d'imagerie générant un signal d'imagerie ; une unité de traitement de séparation de couleurs pour séparer, à partir d'un signal d'imagerie pour chaque composant