本发明提供一种水稻造粉体蛋白转运信号肽及其在花粉育性调控中的应用,属于生物技术领域。本发明通过克隆水稻日本晴转运信号肽ASP1(Amyloplast Signal Peptide 1)的核苷酸序列,构建重组表达载体和进行遗传转化。在启动子PG47的驱动和转运信号肽ASP1的引导下,α‑淀粉酶基因ZM‑AA1可在花粉发育后期特异性表达,从而降解花粉粒中的淀粉,造成水稻转基因花粉不育。该方法准确性高,有效避免了转基因作物通过花粉将转基因元件传播给其它作物。转运信号肽基因ASP1可用于构建保持雄性不育植株的纯合隐性状态,从而在杂交制种过程中省去人工去雄步骤,并可大量扩繁不育系,减少了劳动力的投入以及对产量的影响,使其在作物种植资源改良和遗传育种等方面具有广阔的应用前景。