本发明公开了一种靶向抑制KIAA1429基因表达的ShRNA在制备治疗慢性髓细胞白血病药物疗中的应用。所述靶向抑制KIAA1429基因表达的ShRNA是以KIAA1429基因中SEQ ID NO.1所示核苷酸序列为靶点设计的核酸分子,所述的核酸分子为SEQ ID NO.2‑3所示的ShRNA‑1或SEQ ID NO.4‑5所示的ShRNA‑2,本发明提供的针对靶向抑制KIAA1429基因表达的ShRNA通过细胞和动物实验,证实其能抑制KIAA1429基因表达,并在抑制慢性髓细胞白血病细胞的增殖、转移等多方面具有显著效果,具有潜在的克服Imatinib耐药性的价值,为慢性髓细胞白血病的临床治疗提供新的靶向治疗药物。