The purpose of the present invention is to provide an image processing apparatus, an endoscope system, and an image processing method, whereby it is possible to observe the precise structure of a subject while preventing a substantial reduction in frame rate when an image is acquired using a plurality of observation lights. An image processing apparatus according to a first embodiment of the present invention is provided with: an image input unit for inputting a first image and a second image each captured at different times, the image input unit inputting a first image captured through use of first observation light, and a second image captured through use of second observation light different from the first observation light； a parameter calculation unit for calculating a parameter for aligning the positions of the first image and the second image； an image generation unit for applying the parameter to the first image and generating a positional alignment first image； and a display control unit for causing a display device to sequentially display the inputted first image and the generated positional alignment first image.L'objectif de la présente invention est de fournir un appareil de traitement d'image, un système d'endoscope et un procédé de traitement d'image, ce par quoi il est possible d'observer la structure précise d'un sujet tout en empêchant une réduction substantielle de la fréquence de trame lorsqu'une image est acquise à l'aide d'une pluralité de lumières d'observation. Un appareil de traitement d'image selon un premier mode de réalisation de la présente invention comprend : une unité d'entrée d'image pour entrer une première image et une seconde image capturées chacune à des instants différents, l'unité d'entrée d'image entrant une première image capturée par l'utilisation d'une première lumière d'observation, et une seconde image capturée par l'utilisation d'une seconde lumière d'observation différente de la première lumière d'observation ； une unit
