本发明属于植物种质资源评价技术领域,具体公开了一种利用Genomic‑SSR和EST‑SSR两类标记鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法。鉴评方法中使用到特殊的引物组合,引物组合由2对Genomic‑SSR引物和8对EST‑SSR引物组成,2对Genomic‑SSR引物的序列如SEQ ID NO:1~4所示,8对EST‑SSR引物的序列如SEQ ID NO:5~20所示。本发明首次利用Genomic‑SSR和EST‑SSR两类SSR标记共同检测蝴蝶兰种质的遗传多样性,可弥补仅用单一分子标记检测的局限性,实验结果更有可靠性和代表性。