本发明提供一种水稻水淹诱导型组织特异性表达启动子Possub5及其应用。本发明还提供了含有该启动子的表达盒和植物表达载体。该启动子Possub5核苷酸序列如SEQ ID No:1的1‑1862位所示,序列全长1862个碱基。本发明的启动子主要是在根部表达,并受到水淹诱导。本发明将上述启动子应用在植物转基因工程中。具体而言,本发明提供的启动子可以启动外源基因在植物中表达,特别能够驱动外源基因在水稻根部表达,而在植物的其它组织中不表达,可改善水稻的根部性状。同时,本发明可以用于提高和改善水稻在水淹条件下的生存和生长能力,从而培育出理想的水稻品种。