The present invention relates to a multi-channel fluorescent endoscope apparatus for acquiring three-dimensional images of the inside of a body by simultaneously acquiring color images and fluorescent images of the front and side surfaces of a measurement object, and a method for controlling image acquisition using the same. First and second light sources for irradiating the light； an image measuring unit for acquiring a color image and a fluorescent image of the front and side of the measurement target at the same time； a measuring image transfer unit transferring the measured image obtained by the image measuring unit； An image separation unit for separating the measured image transmitted through the image into a color image and a near infrared fluorescence image； a final image for generating a stereoscopic image by combining the color image and the fluorescence image of the front and side of the measurement object separated by the image separation unit for each angle An image generator；본 발명은 측정 대상의 정면 및 측면의 컬러영상과 형광영상을 동시에 획득하여 신체 내부의 입체적 영상 획득이 가능하도록 한 다채널 형광 내시경 장치 및 이를 이용한 영상 획득 제어 방법에 관한 것으로, 근적외선 광원 및 백색 광원을 조사하는 제 1,2 광원부；측정 대상의 정면 및 측면의 컬러 영상과 형광 영상을 동시에 획득하는 이미지 측정부；상기 이미지 측정부에서 획득된 측정 영상을 전달하는 측정 영상 전달부；상기 측정 영상 전달부를 통하여 전송된 측정 영상을 컬러 영상과 근적외선 형광 영상으로 분리하는 영상 분리부；상기 영상 분리부에서 분리된 측정 대상의 정면 및 측면의 컬러 영상과 형광 영상을 각도별로 조합하여 입체 영상을 생성하는 최종 이미지 생성부；를 포함하는 것이다.
