The present invention relates to a bacteria contamination prevention system of a bio clean room, and the system according to the present invention includes: an air contamination sensor (115) prepared in an isolation room (100) for detecting air contamination within an isolation room; an inlet pipe (110) connected to one side of the isolation room for supplying air to the isolation room; an outlet pipe (120) connected to the other side of the isolation room; a differential pressure sensor (129) installed in the outlet pipe for detecting the difference of air pressure within the isolation room; a differential pressure module (130) installed in the outlet pipe for controlling the difference of air pressure within the isolation room through a damping structure to reduce consumed power and to have a compact structure; and a controller (140) for controlling operation of the differential pressure module based on information from the air contamination sensor and differential sensor.본 발명은 바이오 클린룸의 세균오염 방지시스템에 관한 것으로서, 격리실(100) 내에 마련되어 상기 격리실(100) 내의 공기오염을 감지하는 공기오염센서(115); 상기 격리실(100)의 일측에 연결되고 상기 격리실(100)로 공기를 공급하는 유입관(110); 상기 격리실(100)의 타측에 연결되고 상기 격리실(100) 내의 공기를 배출시키는 배출관(120); 상기 배출관(120) 영역에 설치되어 상기 격리실(100) 내의 공기 차압을 감지하는 차압센서(129); 상기 배출관(120) 영역에 설치되며, 소요되는 동력을 감소시키면서 컴팩트한 구조를 가질 수 있도록 댐핑 구조를 통해 상기 격리실(100) 내의 공기 차압을 제어하는 차압모듈(130); 및 상기 공기오염센서(115) 및 상기 차압센서(129)로부터의 정보에 기초하여 상기 차압모듈(130)의 동작을 컨트롤하는 컨트롤러(140)를 포함한다.