An object of the present invention is to provide a novel and effective means for preventing or treating inflammatory bowel disease and the like. The present invention provides a pharmaceutical composition for preventing or treating inflammatory bowel disease, which comprises a compound having a vesicular nucleic acid transporter (VNUT) inhibitory activity such as clodronate or a salt thereof. Solve the problem.本発明の目的は、炎症性腸疾患に対する、新規且つ有効な予防又は治療手段等を提供することである。本発明は、クロドロン酸またはその塩等の小胞型核酸トランスポーター(VNUT)阻害作用を有する化合物を含有してなる、炎症性腸疾患の予防又は治療用医薬組成物を提供すること等で上記課題を解決する。