본 발명은 식물체에 특정 파장의 음파를 처리하는 단계; 상기 음파 처리된 식물체로부터 단백질을 분리하는 단계; 및 상기 분리된 단백질로부터 음파에 반응하는 단백질을 동정하는 단계를 포함하는 음파에 반응하는 식물 단백질의 분석 방법에 관한 것으로, 본 발명은 특정 음파 파장에 대한 식물체의 단백질 조절 기작을 밝힘으로써 단백질 자원의 확보는 물론, 향후 신기능성 작물개발 및 병 저항성 작물개발에 이용될 수 있는 자료로 이용될 수 있고, 또한 상기 특정 단백질 코딩 유전자를 이용한 형질전환 식물체의 제조를 통해 식량, 사료, 화훼, 원예, 에너지 작물 등의 다양한 작물 개발 분야에 이용될 수 있다.