Systems and methods are provided for generating patient specific instruments for use as surgical guides. A region of interest within a body of a patient is scanned to provide a three-dimensional model of the region of interest. A first user is allowed to position a model of a selected implant with the three-dimensional model of the region of interest via a graphical user interface. A patient specific instrument model is generated from a generic patient specific instrument model according to the position of the model of the selected implant within the three-Dimensional model of the region of interest and the position of at least one extension of the model that is not visible to the first user. A patient specific instrument is fabricated according to the patient specific instrument model.La présente invention concerne des systèmes et des procédés pour générer des instruments spécifiques pour un patient pour utilisation en tant que guides chirurgicaux. Une région d'intérêt dans un corps d'un patient est analysée pour produire un modèle tridimensionnel de la région d'intérêt. Un premier utilisateur peut positionner un modèle d'un implant sélectionné avec le modèle tridimensionnel de la région d'intérêt via une interface utilisateur graphique. Un modèle d'instrument spécifique pour un patient est généré à partir d'un modèle d'instrument spécifique pour un patient générique en fonction de la position du modèle de l'implant sélectionné dans le modèle tridimensionnel de la région d'intérêt et la position d'au moins une extension du modèle qui n'est pas visible pour le premier utilisateur. Un instrument spécifique pour un patient est fabriqué conformément au modèle d'instrument spécifique pour un patient.