本发明涉及一种与中国荷斯坦奶牛金葡菌乳房炎抗性相关的SNP分子标记及其应用。所述分子标记来自奶牛TRAPPC9基因,其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,第165bp位点处的碱基为T或C。此处碱基为C的中国荷斯坦奶牛的金葡菌乳房炎抗性显著高于此处碱基为T的中国荷斯坦奶牛,而体细胞数前者显著低于后者。本发明还提供了用于检测所述SNP标记的引物及含有该引物的试剂盒。本发明还提供了所述SNP标记在鉴定金葡菌乳房炎抗性高的中国荷斯坦奶牛优势品系中的应用。本发明还提供了所述SNP标记在中国荷斯坦奶牛分子标记辅助育种中的应用。本发明的SNP标记为中国荷斯坦奶牛金葡菌乳房炎抗性的标记辅助选择提供了科学依据。