本发明公开了一种利用植物抗病基因富集簇的分子育种方法及其应用,利用植物抗病基因富集簇的分子育种方法包括如下步骤:(1)抗稻瘟病基因富集簇的挖掘与功能验证;(2)挑选抗病基因位点;(3)培育中介品种;(4)筛选目的品种;(5)定位选育抗病品种。本发明所述的含多个抗病基因的富集簇,其包含的稻瘟病抗性基因的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1-15所示。本发明含有所述的稻瘟病抗性基因的载体。本发明所述的稻瘟病抗性基因所编码的蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID NO:16-30。本发明所述的稻瘟病抗性基因在制备转基因抗稻瘟病水稻的应用。本发明的分子育种方法得到的水稻的稻瘟病性强并能保持优良农艺性状。