Methods, compositions, and systems are provided for detecting one or more effects of antibiotic usage for an infectious disease or other health condition on the microbiome of an individual, monitoring such effects, and/or determining, displaying, or promoting a therapy for such an effect. Methods, compositions, and systems are also provided for generating and comparing microbiome composition and/or functional diversity datasets. Methods, compositions, and systems are also provided for generating a characterization model for antibiotic usage.Linvention concerne des procédés, des compositions et des systèmes pour détecter un ou plusieurs effets de lutilisation dantibiotiques pour une maladie infectieuse ou dautres états de santé sur le microbiome dun individu, surveiller ces effets et/ou déterminer, afficher ou améliorer une thérapie pour un tel effet. Linvention concerne également des procédés, des compositions et des systèmes pour créer et comparer des ensembles de données sur la composition et/ou la diversité fonctionnelle du microbiome. Linvention concerne également des procédés, des compositions et des systèmes pour créer un modèle de caractérisation pour lutilisation dantibiotiques.