The present invention relates to a method for identifying and/or characterising an endophyte strain, said method including providing a plurality of samples of endophytes, subjecting said endophytes to genetic analysis, subjecting said endophytes to metabolic analysis and selecting endophytes having a desired genetic and metabolic profile.La présente invention concerne un procédé pour identifier et/ou caractériser une souche d'endophytes, ledit procédé comprenant une pluralité d'échantillons d'endophytes, la soumission desdits endophytes à une analyse génétique, la soumission desdits endophytes à une analyse métabolique et la sélection des endophytes ayant un profil génétique et métabolique souhaité.