The present invention provides methods and compositions for treating viral infections. Nucleases are used to cleave viral nucleic acids in infected cells. Nucleases cleave viral nucleic acids in a sequence-specific manner and therefore do not cleave infected host genes or other important genomic features derived from the infected host genome. In a preferred embodiment, the nuclease is a CRISPR-related protein such as Cas9 and is delivered to infected cells as a ribonucleoprotein comprising Cas9 and a guide RNA designed to target HSV or CMV nucleic acids. In addition or alternatively, the nuclease may be delivered encoded in a plasmid or as mRNA expressed in the target cell. The methods and compositions may be used to treat a patient or may be used to treat a tissue, cell, or organ ex vivo.本発明は、ウイルス感染を処置するための方法および組成物を提供する。ヌクレアーゼを使用して、感染細胞中のウイルス核酸を切断する。ヌクレアーゼは、配列特異的な様式でウイルス核酸を切断するため、感染宿主の遺伝子または感染宿主のゲノムに由来する他の重要なゲノム特徴を切断しない。好ましい実施形態では、ヌクレアーゼは、Cas9等のCRISPR関連タンパク質であり、Cas9と、HSV核酸またはCMV核酸を標的とするように設計されたガイドRNAとを含むリボ核タンパク質として感染細胞に送達される。それに加えてまたはその代わりに、ヌクレアーゼは、プラスミドにコードして送達してもよく、または標的細胞内で発現されるmRNAとして送達してもよい。方法および組成物は、患者を処置するために使用してもよく、または組織、細胞、もしくは臓器をex vivoで処置するために使用してもよい。