Provided is a medical image processing system which, even when there is a region with low biological information-related reliability, is capable of appropriately setting a reference value serving as a reference for measurement values of the biological information. Also provided is an endoscope system. An oxygen saturation degree calculation unit calculates the oxygen saturation degree (one type of biological information) on the basis of an observation image. Using the observation image, a reliability calculation unit (94) calculates biological information-related reliability. A reference value processing unit (72) uses the reliability to set a reference value for a measurement value indicating biological information pertaining to an object for which measurement is carried out within a subject being observed, the reference value serving as a reference of the biological information. A difference image generation unit calculates a difference value between the measurement value and the reference value, and generates a difference image on the basis of the difference value.L'invention concerne un système de traitement d'image médicale qui, même lorsqu'il existe une région ayant une faible fiabilité liée aux informations biologiques, est capable de régler de manière appropriée une valeur de référence servant de référence pour des valeurs de mesure des informations biologiques. L'invention concerne également un système d'endoscope. Une unité de calcul de degré de saturation en oxygène calcule le degré de saturation en oxygène (un type d'informations biologiques) sur la base d'une image d'observation. A l'aide de l'image d'observation, une unité de calcul de fiabilité (94) calcule la fiabilité relative à des informations biologiques. Une unité de traitement de valeur de référence (72) utilise la fiabilité pour régler une valeur de référence pour une valeur de mesure indiquant des informations biologiques concernant un objet pour lequel une mesure est effectuée à l'intérieur
