Provided herein are methods for decreasing dysbiosis, restoring the microbiome, and/or increasing recovery of a healthy microbiome ( e.g. following a dysbiosis inducing event), by administering pharmaceutical compositions to a subject. Also provided are methods for protecting the microbiome of a subject and/or colonizing the microbiome of a subject by administering pharmaceutical compositions to the subject.L'invention concerne des méthodes de diminution de la dysbiose, de restauration du microbiome et/ou d'augmentation de la récupération d'un microbiome sain (par exemple suite à un événement induisant une dysbiose), par l'administration de compositions pharmaceutiques à un sujet. L'invention concerne également des méthodes de protection du microbiome d'un sujet et/ou de colonisation du microbiome d'un sujet par l'administration de compositions pharmaceutiques au sujet.