This medical system comprises: a treatment tool provided with a treatment part, a joint part, a flexible tube part and a drive part; an endoscope device provided with an outer bushing that holds the treatment tool and an imaging unit that is capable of acquiring an image that includes at least the joint part; and a controller that controls the operation of the treatment tool. The controller comprises: a table that includes parameters for operating the joint part; a control device that, on the basis of the parameters, issues to the drive part an instruction for controlling the drive part; an image processor that calculates, on the basis of the image, the position and/or posture of the joint part; and a compensation-amount calculation unit that detects displacement of the joint part on the basis of the position and/or posture of the joint part calculated by the image processor, generates a compensation value for compensating a difference between the instruction and the displacement of the joint part, and incorporates the compensation value into the parameters.L'invention concerne un système médical qui comprend : un outil de traitement ayant une partie de traitement, une partie d'articulation, une partie de tube souple et une partie d'entraînement ; un dispositif d'endoscope ayant une douille externe qui maintient l'outil de traitement, et une unité d'imagerie qui peut acquérir une image qui comprend au moins la partie d'articulation ; et une unité de commande, qui commande le fonctionnement de l'outil de traitement. L'unité de commande comprend : une table qui comprend des paramètres pour faire fonctionner la partie d'articulation ; un dispositif de commande qui, sur la base des paramètres, délivre à la partie d'entraînement une instruction pour commander la partie d'entraînement ; un processeur d'image qui calcule, sur la base de l'image, la position et/ou posture de la partie d'articulation ; et une unité de calcul d'amplitude de compensation qui détecte un déplace