本发明公开了豆科植物HAN同源基因在调控豆科植物根瘤数目中的应用,所述豆科植物HAN同源基因选自MtHAN1基因、MtHAN2基因,核苷酸序列如SEQ ID No.1、2所示。本发明首次分离得到了蒺藜苜蓿MtHAN1,MtHAN2基因的敲除突变体株系,发现双突变体植株的根瘤数目有显著增加。这证明,该基因及其在其他豆科植物中的同源基因参与调控豆科植物的根瘤产生,影响根瘤数量。敲除该基因,可以得到根瘤数量高于野生型植株的转基因豆科植物,预示本发明实施后将会创造氮肥施用更少,氮肥利用效率更高的新型豆科植物,可用于后续的牧草品质及粮食产量提升,对我国草业和粮食生产具有重大意义。