The present invention relates to a method for preparing a Hovenia dulcis extract having increased contents of specific flavonoids and polyphenol compounds, and more particularly, to a method for preparing Hovenia dulcis extracts comprising a specific flavonoid and a polyphenol compound The content is greatly increased and not only the functional ingredient is strengthened but also the bean sprouts of the Hovenia leaf are removed to be usefully used in functional beverages and the like.본 발명은 특정 플라보노이드 및 폴리페놀 화합물 함량이 증진된 헛개나무 추출물의 제조방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 본 발명의 산화발효를 포함하는 제조방법으로 제조된 헛개나무 추출물은 특정 플라보노이드 및 폴리페놀 화합물 함량이 다량 증진되어 기능성 성분이 강화될 뿐만 아니라, 헛개나무 잎의 비린내를 제거함으로써 기능성 음료 등에 유용하게 이용될 수 있다.