本发明属于基因工程领域,具体地说是一种减毒肠毒素C2超抗原突变蛋白及其制备方法和应用。所述减毒肠毒素C2超抗原突变蛋白具有序列表SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:15中碱基序列。以金黄色葡萄球菌DNA为模板,以引物对进行PCR扩增,然后以sec2-F和sec2-R为引物,以获得PCR产物为模板进行PCR扩增得到突变基因,将其克隆入pET-28a,构建减毒肠毒素C2突变蛋白的基因工程菌。本发明所述突变蛋白在保持一定超抗原活性的基础上,其催吐和致热活性较野生型肠毒素C2蛋白有显著的降低,达到了降低毒副作用的目的。