本发明涉及一种表达H7N9亚型禽流感病毒血凝素蛋白的重组杆状病毒疫苗及其制备方法与应用。该疫苗包括:重组杆状病毒rBac‑JX148HA,该重组杆状病毒能够表达H7N9禽流感病毒主要免疫抗原HA蛋白,其免疫佐剂为SEPPIC佐剂;其中所述的HA蛋白的核酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明疫苗免疫鸡后,能诱导较高的抗体滴度、提供针对H7N9亚型高致病性禽流感病毒的完全临床保护、有效抑制排毒。该疫苗安全性高,克服了传统的鸡胚生产疫苗具有鸡胚供应不稳定、外源病毒污染、废弃物产量大等缺陷,在H7N9亚型禽流感的防控上具有较好的应用前景,且符合兽用疫苗利用悬浮细胞培养技术进行大规模生产的趋势。