本发明“一种与美洲南瓜Cucurbita pepo L.叶片缺刻基因Cpdll连锁的Indel标记及其引物、试剂盒与应用”,属于生物技术辅助育种领域。所述与美洲南瓜叶片缺刻基因Cpdll连锁的Indel标记相比叶片不缺刻基因CpDll对应连锁片段的第110‑117位点存在碱基插入突变。所述与美洲南瓜叶片缺刻基因Cpdll连锁的Indel标记的核苷酸序列如Seq ID No.2所示。采用本发明获得的Indel标记,可以在美洲南瓜候选材料的任何阶段判断植株是否具有叶片缺刻这一性状,该标记具有高效、限制少、准确率高的优点。