The present invention relates to a composition for destruction of microalgae, and more particularly to a composition for destruction of microalgae containing a naphthoquinone compound having a specific substituent. The composition for destroying microalgae according to the present invention has an effect of preventing green algae and red tide damage by treating the marine microalgae cultivation field, the area where green tide or red tide is generated, or the area where green tide or red tide is expected to occur.본 발명은 미세조류 파괴용 조성물에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 특정 치환기를 가지는 나프토퀴논 화합물을 함유하는 미세조류 파괴용 조성물에 관한 것이다. 본 발명에 따른 신규한 미세조류 파괴용 조성물은 해양 미세조류 배양장 또는 녹조 또는 적조가 발생된 지역 또는 녹조나 적조 발생 예상 지역에 처리하여 녹조 및 적조 피해를 예방할 수 있는 효과가 있다.